小白理财SD序列（Shine-Dalgarno sequence）：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。SD序列在细菌mRNA起始密码子AUG上游10个碱基左右处，有一段富含嘌呤的碱基序列，能与细菌16SrRNA3’端识别，帮助从起始AUG处开始翻译。
mRNA的起始AUG上游约8~13核苷酸处。存在一段由4~9个核苷酸组成的共有序列-AGGAGG-，可被16SrRNA通过碱基互补精确识别。这段序列被称为核糖体结合位点
SD序列仅存在于原核生物吗
启动子
启动子是DNA链上一段能与RNA聚合酶结合并起始RNA合成的序列，它是基因表达不可缺少的重要调控序列。没有启动子，基因就不能转录。由于细菌RNA聚合酶不能识别真核基因的启动子，因此原核表达载体所用的启动子必须是原核启动子。 原核启动子是由两段彼此分开且又高度保守的核苷酸序列组成，对mRNA的合成极为重要。在转录起始点上游5～10 bp处，有一段由6～8个碱基组成，富含A和T的区域，称为Pribnow 盒，又名TATA 盒或－10区。来源不同的启动子，Pribnow 盒的碱基顺序稍有变化。在距转录起始位点上游35 bp处，有一段由10 bp组成的区域，称为-35区。转录时大肠杆菌RNA聚合酶识别并结合启动子。-35区与RNA聚合酶s亚基结合，-10区与RNA聚合酶的核心酶结合，在转录起始位点附近DNA被解旋形成单链，RNA聚合酶使第一和第二核苷酸形成磷酸二酯键，以后在RNA聚合酶作用下向前推进，形成新生的RNA链。 原核表达系统中通常使用的可调控的启动子有Lac(乳糖启动子)、Trp(色氨酸启动子)、Tac(乳糖和色氨酸的杂合启动子) 、lPL (l噬菌体的左向启动子)、T7噬菌体启动子等。
SD序列
1974年Shine和Dalgarno首先发现，在mRNA上有核糖体的结合位点，它们是起始密码子AUG和一段位于AUG上游3～10 bp处的由3～9 bp组成的序列。这段序列富含嘌呤核苷酸，刚好与16S rRNA 3cent;末端的富含嘧啶的序列互补，是核糖体RNA的识别与结合位点。以后将此序列命名为Shine-Dalgarno序列，简称SD序列。它与起始密码子AUG之间的距离是影响mRNA转录、翻译成蛋白的重要因素之一，某些蛋白质与SD序列结合也会影响mRNA与核糖体的结合，从而影响蛋白质的翻译。另外，真核基因的第二个密码子必须紧接在ATG之后，才能产生一个完整的蛋白质。
终止子
在一个基因的3cent;末端或是一个操纵子的3’末端往往有特定的核苷酸序列，且具有终止转录功能，这一序列称之为转录终止子，简称终止子(terminator)。转录终止过程包括：RNA聚合酶停在DNA模板上不再前进，RNA的延伸也停止在终止信号上，完成转录的RNA从RNA聚合酶上释放出来。对RNA聚合酶起强终止作用的终止子在结构上有一些共同的特点，即有一段富含A/T的区域和一段富含G/C的区域，G/C富含区域又具有回文对称结构。这段终止子转录后形成的RNA具有茎环结构，并且有与A/T富含区对应的一串U。转录终止的机制较为复杂，并且结论尚不统一。但在构建表达载体时，为了稳定载体系统，防止克隆的外源基因表达干扰载体的稳定性，一般都在多克隆位点的下游插入一段很强的rrB核糖体RNA的转录终止子。
SD序列的判断方法
所谓RBS,是指起始密码子AUG上游的一段非翻译区在RBS中有SD(Shine-Dalg-arno)序列,长度一般为5个核苷酸,富含 G,A,该序列与核糖体16SrRNA的3’端互补配对,促使核糖体结合到mRNA上,有利于翻译的起始
RBS的结合强度取决于SD序列的结构及其与起始密码AUG之间的距离SD与AUG之间相距一般以4-10个核苷酸为佳,9个核苷酸最佳
仅是指原核生物。真核起始不需要SD，需要帽子，因为真核是单顺反子。
与sd序列相关的结构
用自洽聚类方法判定大肠杆菌蛋白质编码基因SD序列强弱，给出构成强SD序列的17种碱基关联模式。将全部SD序列按作用强弱不同分为三类：强、中、弱，发现强弱不同时最偏好模式不同，如GGAGG是弱SD序列的最偏好模式，AAGGA是强SD序列的最偏好模式。同一模式距起始密码子的距离不同时，所起的调控作用也不同，如GGAG模式中的A在强SD序列中位于-8位点，在弱SD序列中位于-7和-9位点。平均来说，各SD序列的-9位点上碱基G出现的概率最大。结果还表明SD序列越强，基因的表达水平越高，SD序列越弱，基因表达水平越低。SD序列与anti-SD序列的配对程度和相对位置影响起始密码子的识别和翻译效率。
1 比对结构：指示alpha轨道上蛋白质在不同蛋白质序列中相似处的分子对比分析
2 结构域定义：根据sd序列中一组相连蛋白质特定位点划分特定结构域
3 蛋白质变体：根据不同sd序列中特定位点的突变位置和结果，分析蛋白质变体在功能性上的影响
4 蛋白质结构模型：使用sd序列建立蛋白质的三维结构模型，以分析结构的影响和结构功能的关系
5 生物活性研究：对sd序列中每一个突变位点的生物活性进行研究，以确定蛋白质的功能性变化
以上就是关于核糖体结合位点与SD序列有什么区别全部的内容，包括:核糖体结合位点与SD序列有什么区别、常见的原核表达载体有哪些、SD序列仅存在于原核生物吗等相关内容解答，如果想了解更多相关内容，可以关注我们，你们的支持是我们更新的动力！